Welcome

Welcome to the Chemical Biology Laboratory at Faculty of Agriculture, Kagawa University!   Our research interests lie in the interface of chemistry and biology.  A special emphasis is placed on the analysis on the mechanism of action of biologically-active natural products.

Contact
Ryo C. YANAGITA: 柳田 亮
2393 Ikenobe, Miki, Kita, Kagawa 761-0795, JAPAN
〒761-0795 香川県木田郡三木町池戸2393(アクセス

Location: 農学部 B棟2階西
Office: BW-206; laboratory: BW-201
E-mail: charlesy [at] ag.kagawa-u.ac.jp
Tel & Fax:  +81-87-891-3092

 

最近の投稿

Lunch at 森のピッツェリア・VACCA

Today is a Laboratory experience day for Amy and Lyana, international students visiting Kagawa U for the short stay program. We had a lunch at Pizzeria VACCA in Miki town! We also went to Gelateria MU Read More …

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Welcome Lunch at 古遊楽

This summer, our laboratory have accepted two foreign students, Lyana and Amy, for their laboratory experience during the Short Stay program at Kagawa University. Today, we had a welcome lunch party a Read More …

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DeepChemによる溶解度予測 (Graph convolution, ニューラルネットワーク)

環境: macOS Sierra 10.12.5, CPU: 3.3 GHz Intel Core i5, メモリ: 8 GB. Python 3.5.3, DeepChem 1.1.0, TensorFlow 1.0.1, RDKit 2017.03.3. 参考サイト: Graph convolution regression with deepchem – Is life wort Read More …

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ペーパータオルホルダー

ペーパータオル入れをM1の植松さんが試作してれました.買ったら高いですからね.5800円は高過ぎると思いますが. AZ ONE これで実験台の上も片付くことでしょう.

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Kerasで化合物の溶解度予測(ニューラルネットワーク,回帰分析)

環境: macOS Sierra 10.12.5, CPU: 3.3 GHz Intel Core i5, メモリ: 8 GB. Python 3.6.1, Keras 2.0.6, TensorFlow 1.3.0rc0, RDKit 2017.03.3, mordred 0.4.0.post1.dev1. 参考サイト: Wash that gold- Modelling solubility Read More …

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第111回有機合成シンポジウム2017年【春】,岡山

6/8-9に岡山で開催された有機合成化学協会主催の第111回有機合成シンポジウム2017年【春】で,当研究室の芦田君 (D2) がポスター発表を行いました.香川大学川浪研究室との共同研究です.

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Building topology for C1 domain alone or in complex with phorbol-13-acetate with the Charmm36 force field, for use with GROMACS

環境: macOS Sierra 10.12.4, Gromacs 2016.3. MacKerell Labで配布されているGROMACS用のCharmm力場ファイルのNovember 2016版に亜鉛に配位したシステインとヒスチジン用のパラメータが追加されていたころに気付いたので,これを使って亜鉛イオンを2原子配位したC1ドメインのトポロジーを作成してみました. AMBER用のZAFF(Zin Read More …

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Installing charmm c41 on macOS Sierra

Register and download charmm c41 source code. $ brew install gcc openmpi #GCC6 $ ln -s /usr/local/bin/gcc-6 /usr/local/bin/gcc $ ln -s /usr/local/bin/g++-6 /usr/local/bin/g++ $ tar xvzf charmm.tar.gz Read More …

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AmberTools17へのアップグレード

AmberTools17が4/17にリリースされていました(Amber本体は16のまま).関心のある変更点はLipid17力場の導入です.前バージョン (Lipid14) ではhead groupがPCとPEの2種類しか使用できなかったのが, Phosphatidylcholine (PC) Phosphatidylethanolamine (PE) Phosphatidylserine (PS) Read More …

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寒空の下でお花見

4/10,農学部の桜の満開に合わせて,お花見を行いました.当日の昼から翌日に掛けて雨予報だったため急遽前倒ししましたが,4月とは思えない程に外気温は低く,皆寒い寒いといいながらのお花見でした.雨で散ると読んでいた桜は水曜日になってもまだきれいでした.

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