Welcome

Welcome to the Chemical Biology Laboratory at Faculty of Agriculture, Kagawa University!   Our research interests lie in the interface of chemistry and biology.  A special emphasis is placed on the analysis on the mechanism of action of biologically-active natural products.

Contact
Ryo C. YANAGITA: 柳田 亮
2393 Ikenobe, Miki, Kita, Kagawa 761-0795, JAPAN
〒761-0795 香川県木田郡三木町池戸2393(アクセス

Location: 農学部 B棟2階西
Office: BW-206; laboratory: BW-201
E-mail: yanagita.ryo [at] kagawa-u.ac.jp
Tel & Fax:  +81-87-891-3092

 

最近の投稿

タンパク質-リガンド複合体の脂質二重膜への挿入

研究室内メモ 環境: CentOS 7, GROMACS 2019.5. 下の文献のシミュレーションの最初の部分だけやってみました。 Ryckbosch, S. M.; Wender, P. A.; Pande, V. S. Molecular dynamics simulations reveal ligand-controlled positioning of a peripheral pro Read More …

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RDKitを使った低分子のコンホメーション探索

RDKitによる低分子のコンホメーション探索¶ ETKTG法を使ったコンホメーション生成、エネルギー最適化¶ 研究室内用のメモです。Jupyter Lab形式ファイル(sample.ipynb)をダウンロードして自分で動かしてみてください。 結論を先に書いておくと、今回の方法ではテスト分子のコンホメーションのサンプリングをうまくできませんでした。 今回テストで使用した9員環ラクタム分子(Indol Read More …

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Windows用プログラムの動作確認

Windows用の導入と動作確認 環境: CentOS 7. Wine 4.0.3. 忘れないための記録。 Wine “Wine Is Not an Emulator” – A compatibility layer for windows applications. $ sudo yum –enablerepo=epel info wine でインストールし Read More …

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PLUMED-patched GROMACSのインストールとテスト

研究室内メモ 環境: CentOS 7. GROMACS 2019.4, PLUMED 2.6.0, GCC 6.3.1, OpenMPI 4.0.2, AmberTools 19. 参考サイト: Using Hamiltonian replica exchange with GROMACS – www.plumed.org 参考文献: Giovanni, B. Hamiltonian Read More …

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ワークステーション導入の記録、Feb. 6–17, 2020。

“Great Red Oystrich Makes All Chemists Sane” 環境: CentOS Linux release 7.7.1908 (Core) + GNOME, GCC 4.8.5 便利コマンド ・nvidia-smi – GPUの使用率、状態を確認 ・sensors – CPU温度の表示 yumからインストールしたlm_ Read More …

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国際希少糖学会2019, 高松.

2019年12月3日–5日に、かがわ国際会議場・展示場(高松市)で開催された第7回国際希少糖学会で、当研究室の石山君(D3)と北口さん(M1)がポスター発表を行いました。 ” order_by=”sortorder” order_direction=”ASC” returns=”included” maximum_ Read More …

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新歓コンパ2019

10/30 (水) に高松市内で合同の研究室新歓コンパがありました。今年はKong先生の研究室に初めて学部学生が分属したため、3研究室合同での開催となりました。肉の量とハロウィン気分の街が印象に残りました。

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研究室旅行2019夏

8月の最終週、高知への日帰り研究室旅行に行きました。高知市内でカツオ、ウツボ、クジラなどを食べた後、香美市の龍河洞へ。雨天だったため、水の音に迫力がありました。出口付近のプロジェクションマッピングも見事でした。ドライバーの方々はお疲れさまでした。 ” template=”/home/Agr/webadmin/HomePage/charlesy/wp/wp-content/p Read More …

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応用生命化学研究センター

香川大学農学部・応用生命化学研究センターのウェブサイトをリニューアルしました。 https://www.ag.kagawa-u.ac.jp/abc/

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大掃除2019夏

暑い中、実験室と居室の大掃除を行いました。窓拭きもしたので、よい気分です。お昼ごはんはエベレストフードでカレーでした。4年生もポリッシャーの使い方が手慣れたものです。

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