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昨年度にSUIJI（Six University Initiative Japan Indonesia）ジョイント・プログラム・マスター（SUIJI-JP-Ms）でインドネシアに留学した金川君の成果発表会が本日開催されました。

研究室内メモ 環境: CentOS 7, GROMACS 2019.5. 下の文献のシミュレーションの最初の部分だけやってみました。 Ryckbosch, S. M.; Wender, P. A.; Pande, V. S. Molecular dynamics simulations reveal ligand-controlled positioning of a peripheral pro Read More …

RDKitによる低分子のコンホメーション探索¶ ETKTG法を使ったコンホメーション生成、エネルギー最適化¶ 研究室内用のメモです。Jupyter Lab形式ファイル（sample.ipynb）をダウンロードして自分で動かしてみてください。 結論を先に書いておくと、今回の方法ではテスト分子のコンホメーションのサンプリングをうまくできませんでした。 今回テストで使用した9員環ラクタム分子（Indol Read More …

Windows用の導入と動作確認 環境: CentOS 7. Wine 4.0.3. 忘れないための記録。 Wine “Wine Is Not an Emulator” – A compatibility layer for windows applications. $ sudo yum –enablerepo=epel info wine でインストールし Read More …

研究室内メモ 環境: CentOS 7. GROMACS 2019.4, PLUMED 2.6.0, GCC 6.3.1, OpenMPI 4.0.2, AmberTools 19. 参考サイト: Using Hamiltonian replica exchange with GROMACS – www.plumed.org 参考文献: Giovanni, B. Hamiltonian Read More …

“Great Red Oystrich Makes All Chemists Sane” 環境: CentOS Linux release 7.7.1908 (Core) + GNOME, GCC 4.8.5 便利コマンド ・nvidia-smi – GPUの使用率、状態を確認 ・sensors – CPU温度の表示 yumからインストールしたlm_ Read More …

2019年12月3日–5日に、かがわ国際会議場・展示場（高松市）で開催された第7回国際希少糖学会で、当研究室の石山君（D3）と北口さん（M1）がポスター発表を行いました。 ” order_by=”sortorder” order_direction=”ASC” returns=”included” maximum_ Read More …

10/30 (水) に高松市内で合同の研究室新歓コンパがありました。今年はKong先生の研究室に初めて学部学生が分属したため、3研究室合同での開催となりました。肉の量とハロウィン気分の街が印象に残りました。

8月の最終週、高知への日帰り研究室旅行に行きました。高知市内でカツオ、ウツボ、クジラなどを食べた後、香美市の龍河洞へ。雨天だったため、水の音に迫力がありました。出口付近のプロジェクションマッピングも見事でした。ドライバーの方々はお疲れさまでした。 ” template=”/home/Agr/webadmin/HomePage/charlesy/wp/wp-content/p Read More …