柳田 亮（准教授） 修士2回生 (M2) 3名 修士1回生 (M1) 1名 学部...
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Welcome
Welcome to the Chemical Biology Laboratory at Faculty of Agriculture, Kagawa University! Our research interests lie in the interface of chemistry and biology. A special emphasis is placed on the analysis on the mechanism of action of biologically-active natural products.
Contact
Ryo C. YANAGITA: 柳田 亮
2393 Ikenobe, Miki, Kita, Kagawa 761-0795, JAPAN
〒761-0795 香川県木田郡三木町池戸2393（アクセス）
Location: 農学部 B棟2階西
Office: BW-206; laboratory: BW-201
E-mail: yanagita.ryo [at] kagawa-u.ac.jp
Tel & Fax: +81-87-891-3092
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SUIJI-JP-Ms成果発表会
昨年度にSUIJI（Six University Initiative Japan Indonesia）ジョイント・プログラム・マスター（SUIJI-JP-Ms）でインドネシアに留学した金川君の成果発表会が本日開催されました。
タンパク質-リガンド複合体の脂質二重膜への挿入
研究室内メモ 環境: CentOS 7, GROMACS 2019.5. 下の文献のシミュレーションの最初の部分だけやってみました。 Ryckbosch, S. M.; Wender, P. A.; Pande, V. S. Molecular dynamics simulations reveal ligand-controlled positioning of a peripheral pro Read More …
RDKitを使った低分子のコンホメーション探索
RDKitによる低分子のコンホメーション探索¶ ETKTG法を使ったコンホメーション生成、エネルギー最適化¶ 研究室内用のメモです。Jupyter Lab形式ファイル（sample.ipynb）をダウンロードして自分で動かしてみてください。 結論を先に書いておくと、今回の方法ではテスト分子のコンホメーションのサンプリングをうまくできませんでした。 今回テストで使用した9員環ラクタム分子（Indol Read More …
Windows用プログラムの動作確認
Windows用の導入と動作確認 環境: CentOS 7. Wine 4.0.3. 忘れないための記録。 Wine “Wine Is Not an Emulator” – A compatibility layer for windows applications. $ sudo yum –enablerepo=epel info wine でインストールし Read More …
PLUMED-patched GROMACSのインストールとテスト
研究室内メモ 環境: CentOS 7. GROMACS 2019.4, PLUMED 2.6.0, GCC 6.3.1, OpenMPI 4.0.2, AmberTools 19. 参考サイト: Using Hamiltonian replica exchange with GROMACS – www.plumed.org 参考文献: Giovanni, B. Hamiltonian Read More …
ワークステーション導入の記録、Feb. 6–17, 2020。
“Great Red Oystrich Makes All Chemists Sane” 環境: CentOS Linux release 7.7.1908 (Core) + GNOME, GCC 4.8.5 便利コマンド ・nvidia-smi – GPUの使用率、状態を確認 ・sensors – CPU温度の表示 yumからインストールしたlm_ Read More …
国際希少糖学会2019, 高松.
2019年12月3日–5日に、かがわ国際会議場・展示場（高松市）で開催された第7回国際希少糖学会で、当研究室の石山君（D3）と北口さん（M1）がポスター発表を行いました。 ” order_by=”sortorder” order_direction=”ASC” returns=”included” maximum_ Read More …