- 低分子コンホメーション探索 (GROMACS, simulated annealing)
- タンパク質-リガンドドッキングシミュレーション (AutoDock)
- C1ドメインのGROMACS用トポロジー生成 (AmberTools, Acpype)
- タンパク質-リガンド複合体のMDシミュレーション (GROMACS)
- ワークステーション導入の記録、Feb. 6–17, 2020。
- 計算用ソフトウェアのインストール（Mac OS X/macOS、情報が古い）
パッケージプログラム一覧
（2024年9月2日更新）
| 名前 | 内容 |
|---|---|
| AmberTools | 分子シミュレーションプログラムパッケージ |
| AutoDock | 自動ドッキングツールスイート |
| GAMESS(US) | ab initio量子化学計算 |
| GENESIS | 分子動力学 (MD) プログラムパッケージ |
| GROMACS | 分子動力学 (MD) プログラムパッケージ |
| MOPAC | 半経験的分子軌道理論計算 |
| NWChem | 大規模ab initio量子化学計算 |
| ORCA | ab initio量子化学計算 |
| PLUMED | 分子動力学 (MD) のための拡張サンプリング法 |
| パッケージプログラム名 | バージョン | リビジョン | コマンド | 導入/更新日 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| ACEMD3 | 3.3.0 | acemd3 | 2021/1/27 | via conda, 無料、1GPU | |
| AmberTools | 22 | update.4 | 2023/1/19 | MPI対応、GPU対応 | |
| 21 | update.11 | 2022/1/14 | MPI対応、GPU対応 | ||
| 20 | update.15 | 2021/2/17 | MPI対応 | ||
| 19 | update.11 | 2020/2/10 | MPI対応 | ||
| AutoDock | 4.2.6 | 2020/2/10 | |||
| AutoDock-GPU | 4.2.6 | 2020/2/10 | |||
| v1.5-release | 2023/6/20 | ||||
| GAMESS(US) | 2020 | Sep30 | rungms | 2020/10/14 | |
| GENESIS | 2.1.2 | spdyn | 2024/2/5 | GPU対応 | |
| GROMACS | 2022.1 | gmx_mpi, gmx | 2022/5/29 | GPU対応、MPI対応 | |
| 2022 | gmx | 2022/3/10 | Bugあり、GPU対応 | ||
| 2021.5 | gmx | 2022/3/10 | GPU対応 | ||
| 2021.4 | gmx | 2021/11/11 | GPU対応 | ||
| 2021.3 | gmx | 2021/8/31 | GPU対応 | ||
| 2021.2 | gmx | 2021/5/6 | GPU対応 | ||
| 2021.1 | gmx | 2021/3/11 | GPU対応 | ||
| 2021 | gmx | 2021/1/29 | GPU対応 | ||
| 2020.5 | gmx | 2021/1/14 | GPU対応 | ||
| 2020.4 | gmx | 2021/8/12 | PLUMED、GPU対応 | ||
| 2020.3 | gmx | 2020/8/6 | GPU対応 | ||
| 2020.2 | gmx | 2020/5/5 | GPU対応 | ||
| 2020.1 | gmx | 2020/3/5 | GPU対応 | ||
| 2020 | gmx | 2020/2/12 | GPU対応 | ||
| 2019.6 | gmx_mpi, gmx | 2020/3/7 | PLUMED、GPU対応 | ||
| 2019.5 | gmx | 2020/2/10 | GPU対応 | ||
| 2019.4 | gmx_mpi | 2020/2/17 | PLUMED、GPU対応 | ||
| MOPAC | 22.0.6 | mopac | 2021/1/16 | ||
| 2016 | MOPAC2016.exe | 2020/2/13 | |||
| 7 | mopac.exe | 2020/2/17 | |||
| NWChem | 6.8.1 | nwchem | 2020/2/13 | ||
| ORCA | 6.0.0 | orca | 2024/9/2 | openmpi416 | |
| 5.0.2 | orca | 2021/12/9 | openmpi411 | ||
| 5.0.1 | orca | 2021/8/18 | openmpi411 | ||
| 4.2.1 | orca | 2020/2/19 | openmpi314 | ||
| PLUMED | 2.9.1 | plumed | 2024/6/21 | ||
| 2.7.2 | plumed | 2021/8/12 | |||
| 2.7.0 | plumed | 2021/3/30 | |||
| 2.6.0 | plumed | 2020/2/15 |
| 名前 | バージョン | 起動コマンド | 導入日 | 備考 |
|---|---|---|---|---|
| Gabedit | 2.5.0 | /usr/local/bin/gabedit | 2020/2/14 | |
| Facio | 22.1.1.64 |
wine /opt/windows/Facio2211-64/Facio.exe | 2020/2/18 | Linux-WINE版 |
| MOLDEN | 5.9 |
/usr/local/molden5.9/gmolden | 2020/2/18 | |
| MGLTools | 1.5.7 |
/usr/local/MGLTools-1.5.7/bin/pmv | 2020/2/10 | AutoDockTools |
| PyMOL | 2.4.1 |
/usr/local/pymol/bin/pymol | 2020/9/15 | |
| VMD | 1.9.3 |
/usr/local/vmd193/bin/vmd | 2020/2/14 | |
| Winmostar | 10.0.2 |
wine /opt/windows/winmos10/winmostar.exe | 2020/2/18 | 64bit Windows版 |
コンパイラ・ライブラリ
| 名前 | バージョン | 備考 |
|---|---|---|
| GCC | 4.8.5* | |
| 7.3.1 | scl enable devtoolset-7 bash | |
| 9.3.1 | scl enable devtoolset-9 bash | |
| 11.2.1 | scl enable devtoolset-11 bash | |
| CUDA |
11.6* |
Driver Version: 510.73.05 |
|
|
11.4 |
|
|
|
11.2 |
|
|
|
10.2.89 |
|
|
|
10.0.130 |
|
| Python | 2.7.5* | |
| 3.6.8 | /usr/bin/python3 | |
| 3.7.4 | pyenv global miniconda3-latest | |
| R | 3.6.0 | jupyter-labから使用可能 |
| Julia | 1.3.1 | jupyter-labから使用可能 |
| Open MPI | 4.0.3* | /usr/local/open-mpi/4.0.3_gcc6.3.1_cuda10.2 |
| 3.1.5 | /usr/local/open-mpi/3.1.5_gcc6.3.1_cuda10.2 | |
| 2.0.4 | /usr/local/open-mpi/2.0.4_gcc6.3.1 |