内部専用ページ: 計算機利用の手引き

パッケージプログラム一覧

(2022年5月30日更新)

名前内容
AmberTools分子シミュレーションプログラムパッケージ
AutoDock自動ドッキングツールスイート
GAMESS(US)ab initio量子化学計算
GROMACS分子動力学 (MD) プログラムパッケージ
MOPAC半経験的分子軌道理論計算
NWChem大規模ab initio量子化学計算
ORCAab initio量子化学計算
PLUMED分子動力学 (MD) のための拡張サンプリング法
パッケージプログラム名 バージョン リビジョン コマンド 導入/更新日 備考
ACEMD3 3.3.0   acemd3 2021/1/27 via conda, 無料、1GPU
AmberTools 21 update.11   2022/1/14 MPI対応、GPU対応
  20 update.15   2021/2/17 MPI対応
  19 update.11   2020/2/10 MPI対応
AutoDock 4.2.6     2020/2/10  
AutoDock-GPU 4.2.6     2020/2/10  
GAMESS(US) 2020 Sep30 rungms 2020/10/14  
GROMACS 2022.1   gmx_mpi, gmx 2022/5/29 GPU対応、MPI対応
  2022   gmx 2022/3/10 Bugあり、GPU対応
  2021.5   gmx 2022/3/10 GPU対応
  2021.4   gmx 2021/11/11 GPU対応
  2021.3   gmx 2021/8/31 GPU対応
  2021.2   gmx 2021/5/6 GPU対応
  2021.1   gmx 2021/3/11 GPU対応
  2021   gmx 2021/1/29 GPU対応
  2020.5   gmx 2021/1/14 GPU対応
  2020.4   gmx 2021/8/12 PLUMED、GPU対応
  2020.3   gmx 2020/8/6 GPU対応
  2020.2   gmx 2020/5/5 GPU対応
  2020.1   gmx 2020/3/5 GPU対応
  2020   gmx 2020/2/12 GPU対応
  2019.6   gmx_mpi, gmx 2020/3/7 PLUMED、GPU対応
  2019.5   gmx 2020/2/10 GPU対応
  2019.4   gmx_mpi 2020/2/17 PLUMED、GPU対応
MOPAC 2016   MOPAC2016.exe 2020/2/13  
  7   mopac.exe 2020/2/17  
NWChem 6.8.1   nwchem 2020/2/13  
ORCA 5.0.2   orca 2021/12/9 openmpi411
  5.0.1   orca 2021/8/18 openmpi411
  4.2.1   orca 2020/2/19 openmpi314
PLUMED 2.7.2   plumed 2021/8/12  
  2.7.0   plumed 2021/3/30  
  2.6.0   plumed 2020/2/15  
名前バージョン起動コマンド導入日備考
Gabedit2.5.0/usr/local/bin/gabedit2020/2/14 
Facio22.1.1.64

wine /opt/windows/Facio2211-64/Facio.exe

2020/2/18Linux-WINE版
MOLDEN5.9

/usr/local/molden5.9/gmolden

2020/2/18 
MGLTools1.5.7

/usr/local/MGLTools-1.5.7/bin/pmv

2020/2/10AutoDockTools
PyMOL2.4.0a0

/usr/local/pymol/bin/pymol

2020/2/14 
VMD1.9.3

/usr/local/vmd193/bin/vmd

2020/2/14 
Winmostar10.0.2

wine /opt/windows/winmos10/winmostar.exe

2020/2/1864bit Windows版

コンパイラ・ライブラリ

名前 バージョン 備考
GCC 4.8.5*  
  7.3.1 scl enable devtoolset-7 bash
  9.3.1 scl enable devtoolset-9 bash
CUDA

11.6*

Driver Version: 510.73.05

 

11.4

 

 

11.2

 

 

10.2.89

 

 

10.0.130

 
Python 2.7.5*  
  3.6.8 /usr/bin/python3
  3.7.4 pyenv global miniconda3-latest
R 3.6.0 jupyter-labから使用可能
Julia 1.3.1 jupyter-labから使用可能
Open MPI 4.0.3* /usr/local/open-mpi/4.0.3_gcc6.3.1_cuda10.2
  3.1.5 /usr/local/open-mpi/3.1.5_gcc6.3.1_cuda10.2
  2.0.4 /usr/local/open-mpi/2.0.4_gcc6.3.1

機械学習用ライブラリ・環境

名前バージョン備考
cuDNN

7.6.5.32

CUDA 10.2版
pyenv

1.2.16-5-g7097f82

Python環境構築
Anaconda32019.10

$ pyenv global anaconda3-2019.10

$ pyenv global system

Tensorflow2.0.0

$ conda install tensorflow-gpu

PyTorch1.3.1

$ conda install pytorch-gpu

DGL0.4.2

CUDA 10.2対応

RDKit2019.3

ケモインフォマティクス用ライブラリ