AmberTools17が4/17にリリースされていました（Amber本体は16のまま）．関心のある変更点はLipid17力場の導入です．前バージョン (Lipid14) ではhead groupがPCとPEの2種類しか使用できなかったのが，
- Phosphatidylcholine (PC)
- Phosphatidylethanolamine (PE)
- Phosphatidylserine (PS)
- Phosphatidylglycerol (PGR)
- Phosphaditic acid (PH-)
の5種類になりました．側鎖も5種類から7種類に増え（アラキドン酸〔AR〕とドコサヘキサエン酸〔DHA〕が追加された），その他の脂質としてcholesterolも使用可能になりました．
これで，Amber力場と組み合わせてPSを含む脂質二重膜のtensionlessシミュレーション（表面張力をかけなくてもよい）が可能になりました．
低分子用力場に関してはまだGAFF2が開発途上のようです．少なくともうちで興味のあるマクロラクトンではGAFF力場よりもCharmmのCGenFFの方がコンホメーションやエネルギーの再現度がよい（DFTとよく一致する）ので，GAFF2の進化に期待します．
アップグレード
AmberTools16をインストール済みなので，ウェブサイトの指示通りにコマンドラインからpatchをダウンロードしました．
$ cd $AMBERHOME
$ ./update_amber --upgrade
必要なファイルがダウンロードされ，古いファイルが削除されました．次に指示通り，configureを実行しました．
$ ./configure gnu
We highly recommend to let AMBER install Python with all prerequisites inside /opt/amber16 via a Continuum Miniconda distribution.
と言われたので，yを選択するとAmber専用のpython環境が自動的に構築されました．Configureは程なく終了したので，次にcompileを実行しました（GCCのバージョンはHomebrewでインストールした6.3.0）．
$ make install
cp: /opt/amber16/bin/FEW.pl and /opt/amber16/AmberTools/src/FEW/FEW.pl are identical (not copied).
と言われてエラーで途中で止まったので，そのファイルをrenameしてから，make installを再開しました．問題なく終了しました．
(了)