- 低分子コンホメーション探索 (GROMACS, simulated annealing)
- タンパク質-リガンドドッキングシミュレーション (AutoDock)
- C1ドメインのGROMACS用トポロジー生成 (AmberTools, Acpype)
- タンパク質-リガンド複合体のMDシミュレーション (GROMACS)
- ワークステーション導入の記録、Feb. 6–17, 2020。
- 旧OS環境の記録（CentOS 7; until Aug. 2025）
- 計算用ソフトウェアのインストール（Mac OS X/macOS、情報が古い）
パッケージプログラム一覧
（2025年8月20日更新）
AlmaLinux 8.10（2025年8月20日導入）
| 名前 | 内容 |
|---|---|
| Amber & AmberTools | 分子シミュレーションプログラムパッケージ |
| AutoDock | 自動ドッキングツールスイート |
| GROMACS | 分子動力学 (MD) プログラムパッケージ |
| MOPAC | 半経験的分子軌道理論計算 |
| ORCA | ab initio量子化学計算 |
| パッケージプログラム名 | バージョン | リビジョン | コマンド | 導入/更新日 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| AmberTools & pmemd | 25 | update.2 & update.1 | 2025/08/21 | from source | |
| AutoDock-GPU | 4.2.6 | 2025/08/20 | |||
| GROMACS | 2025.3 | gmx | 2025/09/01 | CUDA 12.8, PyTorch 2.7.1 Torch-ani | |
| 2025.2 | gmx | 2025/08/20 | CUDA 12.9.1 | ||
| MOPAC | 23.1.2 | mopac | 2025/07/11 | ||
| ORCA | 6.1.0 | orca | 2025/07/16 | openmpi418 |
| プログラム名 | バージョン | リビジョン | コマンド | 導入/更新日 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
Slurm | 20.11.9 | sbatch, squeue, scancel | 2025/08/20 | from DNF |
コンパイラ・ライブラリ
| 名前 | バージョン | 備考 |
|---|---|---|
| GCC | 8.30* | |
| 11.2.1 | scl enable gcc-toolset-11 bash | |
| CUDA | 13.0* | Driver Version: 580.65.06 |
| 12.9 | (for GROMACS 2025.2) | |
| 12.8 | (for AmberTools 25) |